ДепартаментИнформатика

Корпус 2, зала 702


Организатор:
департамент „Информатика“


Лектор:
гл. ас. д-р Методи Трайков

Модерните Next-Generation Sequencing (NGS) техники не са в състояние да генерират цяла геномна последователност. Вместо това NGS  техниките генерират милиарди къси ДНК последователности, наречени reads. Сглобяването на геном (Genome assembly) е предизвикателна изчислителна задача, състояща се в реконструиране на пълна геномна последователност от фрагментирани сурови данни (така наречените reads). Това е сложна процедура, която е съставена от три основни стъпки:

1. генериране на контиги (contigs), които са дълги съседни ДНК секвенции, получени от припокриване на reads;
2. ориентация и подреждане на тези контиги, така наречения scaffolding;
3. запълване на празнините.

Целта е да се намери правилна подредба и ориентация на всеки контиг, с цел да се свържат заедно в scaffolds (последователност от контиги, които се припокриват или са разделени от празнини с определена дължина). Информацията за празнините се генерира по време на секвенцията въз основа на така наречените paired-end или mate-pair reads. Също така е налична информация за разстоянието, свързано с празнините.

По време на семинара, ще се разгледа така наречения contig graph, който кодира информация за контигите и разстоянията между тях, и представя scaffolding и gap-filling, като намиране на най-дълъг път в този граф, така че да се удовлетворят колкото е възможно повече mate-pairs разстояния.

Методи Георгиев Трайков завършва специалност „Информатика“ през 2012 г. в Югозападен университет „Неофит Рилски“, гр. Благоевград. Придобива ОКС „Бакалавър“ с отлично защитена бакалавърска теза на тема „Математически модели за предсказване на третичната структура на протеините“. През 2013 г. придобива ОКС „Магистър по информатика“ след като защитава отново с отличие магистърска теза на тема „Алгоритми за предсказване на пространствената структура на протеините, базирани на HP Folding ”, отново в Югозападен университет „Неофит Рилски“, гр. Благоевград. Същата година печели конкурс за редовен докторант със стипендия в катедра „Инфроматика“ към Природо-математически факултет на Югозападен университет „Неофит Рилски“.

През 2017 г. придобива ОНС „Доктор“ в професионално направление 4.6. Информатика и компютърни науки с дисертационен труд на тема „Математически модели и алгоритми за предсказване на пространствената структура на протеини.“. Заедно с дисертационната тематика, изучава и анализира основни проблеми в областта на биоинформатиката, като оптимизационни алгоритми и оптималност на генетичния код, както и Високопроизводителни изчисления в биоинформатиката.

През академичната 2018-2019 г. е хоноруван преподавател към департамент „Информатика“ на Нов български университет, а от ноември 2019 заема академичната длъжност „Асистент“ в департамент Информатика на НБУ. През 2020 г. е назначен за главен асистент в професионално направление 4.6 Информатика и компютърни науки към департамент „Информатика“ на Нов български университет.